南京医科大学基础医学院的办学历史可以追溯到1934年建校初期，当时即已开设人体解剖学、药理学、细菌学、寄生虫学、病理解剖学、法医学、医学史等多门医学课程。1958年初成立基础医学部。1994年更名为基础医学院。
在一代代师生员工的共同努力下，学院得到了长足发展。尤其是近十年来，学院抢抓机遇，注重内涵建设，各项工作取得了显著的成绩。在2012年教育部全国第三轮学科评估中，基础医学一级学科排名全国第七。在2016年教育部全国第四轮学科评估中，基础医学一级学科获B+等级（全国排名并列第八）。基础医学一级学科同时为江苏高校优势学科建设工程一期、二期和三期项目立项学科。
目前，基础医学院下设13个学系、1个国家级实验教学示范中心(基础医学)、1个国家级虚拟仿真实验教学中心（基础医学）、1个分析测试中心和4个管理办公室。现有2个一级学科博士点(基础医学、生物学)、2个博士后流动站、13个二级学科博士点、2个一级学科硕士点、13个二级学科硕士点；1个国家重点学科、1个国家重点(培育)学科、1个省一级学科国家重点学科培育建设点、1个省一级学科重点学科、1个省一级学科重点学科培育建设点；1个国家重点实验室、1个部级重点实验室、7个省重点实验室和工程研究中心，拥有一批国内先进水平的科研基地和实验技术平台。
学院聚集一批具有国际水准的高水平师资，截止2021年5月，学院有教职工341人，其中教师和专职研究人员235人。包括教授66人、副教授61人，博士生导师65人、硕士生导师107人。获得国家杰出青年科学基金2人、“973”首席科学家3人、全国模范教师1人、全国优秀教师2人、“新世纪百千万人才工程”国家级人选2人、国家优秀青年基金5人，江苏省特聘教授14人。
学院担负着全校本科生、研究生及继续教育学生的基础阶段教学任务, 承担各学制、各专业、各层次的基础课、专业基础课和部分专业课教学工作，开设40余门本科课程，每年完成教学任务约4万学时。以“全面提升本科教育，探索推进新医科建设”为总目标，学院师生积极进取，奋勇拼搏。学院拥有国家级教学团队2个、江苏高校“青蓝工程”优秀教学团队1个；拥有3门国家级精品课程，1门国家双语教学示范课程，2门国家级精品资源共享课，1门国家级来华留学品牌课程，1门国家级一流本科课程，10门省级英文授课精品课程，2门省级高校在线开放课程立项建设课程。近五年，学院教师获国家级教学成果奖二等奖1项，省级教学成果奖特等奖1项；主持各级教学改革课题90余项，发表教学论文220余篇；主、参编教材90余部，其中国家级规划教材10余部。参与各类教学竞赛、指导学生参加省级以上比赛取得了优异成绩：荣获首届江苏省高校教师教学创新大赛（本科）特等奖1项、二等奖1项；获江苏省高校大学生创新训练计划立项项目81项；获全国大学生基础医学创新论坛暨实验设计大赛一等奖4项、二等奖7项、三等奖2项；2020年获国际基因工程机器大赛金奖1项；2019年获十六届“挑战杯”全国大学生课外学术科技作品竞赛二等奖1项、首届全国大学生基础医学实验技能大赛团体及个人一等奖、首届全国法医学本科技能竞赛二等奖2项、三等奖1项；2018年获十一届 “创青春”全国大学生创业大赛银奖1项。
学院瞄准“国际知名、特色鲜明、水平一流”的目标，根据学科发展趋势，整合学科资源，凝练研究方向，以高层次项目促学科发展，在生殖健康、心血管病、神经退行性疾病、代谢病、感染性疾病与免疫、肿瘤等6个研究方向取得了显著成绩。近5年来，学院获得国家级项目200项，总科研经费18268万元。其中，国家重点研发计划项目(课题)8项；“重大新药创制”科技重大专项1项；国家自然科学基金杰出青年基金项目1项，优秀青年科学基金项目3项，重大项目1项，重点项目6项。发表SCI论文920篇，其中在Cancer Cell、Circulation、Adv Mater、Cell Res、Adv Sci (Weinh)、Cell Host Microbe、Mol Cell、Am J Respir Crit Care Med、J Extracell Vesicles、Hepatology、Circ Res等权威学术期刊上发表高水平论文42篇。获得教育部自然科学奖二等奖1项，江苏省科技进步奖二等奖3项、三等奖2项。获得发明专利49项。
学院设立基础医学和法医学2个本科专业，每年招收本科生70人，学生就业率达95%以上。在院全日制研究生490人，其中博士115人，硕士375人。学院还承担接受国内外访问学者和培训进修学员的任务。学院先后和美国、英国、德国、法国、奥地利、加拿大、日本、新加坡、香港等国家和地区高等院校、科研院所建立了长期合作关系，为学院的长期发展创造了良好的外部环境。
学院全体教职工将继续秉承“厚德博学，笃行创新”的院训精神，坚持以学科建设为抓手，以制度创新为动力，以科学评价为导向，深化综合改革，推动内涵建设，提升综合实力，励精图治，攻坚克难，为助推国际知名、特色鲜明的高水平研究型医科大学建设而努力奋斗!
